Desde el sábado, durante la primera carrera de distancia normal en Andalucía, Aegerter esperaba llegar a lo más alto. Partió desde el segundo lugar de la parrilla; Sólo el nuevo y antiguo campeón del mundo, el español Álvaro Bautista con Ducati, fue más rápido en la clasificación. Sin embargo, un problema con la electrónica de la Yamaha arruinó el sueño de la hazaña.

El domingo, antes de la prueba de distancia corta, oficialmente conocida como carrera Superpole en esta categoría, Aegerter volvió a estar en primera fila junto a Bautista. Aprovechó esta nueva oportunidad, en una carrera en la que inicialmente tuvo que luchar nuevamente con la tecnología de Yamaha. Esta vez debió quejarse de una pérdida de aceite; la pista visible obligó a detener la carrera. La segunda parte continuó durante ocho vueltas más, después de las cuales Aegerter llegó a la meta un segundo y medio detrás del líder de la temporada, Bautista, después de cambiar a la moto de reemplazo.

Unas buenas tres horas después del primer podio de esta serie, Aegerter inmediatamente duplicó. En la segunda carrera principal del fin de semana consiguió la tercera plaza por detrás de Bautista y del turco Toprak Razgatlioglu, colega de la marca. Razgatlioglu ganó por poco el emocionante duelo contra el español. Sin embargo, debido a que superó el límite del recorrido, tuvo que ceder la victoria a su rival de toda la vida.

Gracias a un final de temporada conciliador, que también puede considerar como una compensación por las numerosas inconsistencias y decepciones durante este Mundial, Aegerter ascendió al octavo lugar en la clasificación general.